Mit dem PCR-Test kann nicht nachgewiesen werden, ob eine Person mit einem aktiven Erreger infiziert ist oder nicht.
Es besteht die Möglichkeit, dass der Test über die Dauer der Infektion hinaus positiv ausfällt, weil noch „Virustrümmer“ in Nase oder Rachen vorhanden sind. Ein sicherer Nachweis der Infektiosität ist nur mit aufwendigen Tests möglich, bei denen im Labor untersucht wird, ob das Material aus den Abstrichen lebende Zellen abtöten kann.
(Deutsches Ärzteblatt am 01.02.2021 https://www.aerzteblatt.de/nachrichten/120745)
 
Die Daten bilden nicht die Entwicklung des Infektionsgeschehens ab, weil unter anderem die Zahl der durchgeführten Tests ständig wechselt. Es könnte dazu führen, dass Freiheitsrechte unnötigerweise massiv eingeschränkt werden, mit allen gravierenden Auswirkungen auf Wirtschaft, Kultur und die körperliche und seelische Gesundheit der Menschen.
Prof. Dr. Gérard Krause: Dieser Wert (sic die „7-Tage-Inzidenz“)war schon immer problematisch, aber inzwischen wird er richtiggehend untauglich. Die Sieben-Tage-Inzidenz entkoppelt sich immer mehr von der eigentlichen gesundheitlichen Lage. …
Man könnte beispielsweise den Inzidenzwert in die Höhe treiben, wenn man in allen Schulen täglich testen würde. Die allermeisten der so entdeckten Infektionen hätten keine Erkrankungen zur Folge. Die so gestiegene Inzidenz würde also die Behörden zwingen, Ausgangssperren, Schulschließungen und andere Maßnahmen zu treffen, obwohl sich die pandemische Lage gar nicht verschlechtert hätte, also gar nicht mehr Menschen als vorher überhaupt medizinisch versorgt werden müssten. 
(https://www.tagesschau.de/inland/gesellschaft/infektionsschutzgesetz-111.html) Ähnlich argumentieren Prof. Dr. med. Detlev H. Krüger und Prof. Dr. Klaus Stöhr in ihrem „Offenen Brief an den Deutschen Bundestag“ : https://reitschuster.de/post/infektionsschutzgesetz-drosten-vorgaenger-stellt-sich-gegen-regierung/
 
Alternativen zu der „7-Tages-Inzidenz“ sind möglich. So könnte stattdessen die tägliche Anzahl der COVID-bedingten Neuaufnahmen in die Intensivstationen als Bemessungsgrundlage dienen. Sie würde ein realistisches Bild der Entwicklung der Krankheit zeichnen, das auf medizinischer Diagnostik basiert und nicht auf irreführenden Laborwerten.
Prof. Krause (https://www.tagesschau.de/inland/gesellschaft/infektionsschutzgesetz-111.html) und die Professoren Krüger und Stöhr (https://reitschuster.de/post/infektionsschutzgesetz-drosten-vorgaenger-stellt-sich-gegen-regierung/ ) machen dazu detaillierte Vorschläge.